Die Proben- und Unterrichtsräume des Dresdner Kreuzchores befinden sich im Westflügel des Schulgebäudes. Es gibt den Großen Probensaal, in dem der ganze Chor probt, und den Kleinen Probensaal für kleinere Gruppen. Direkt neben dem Großen Probensaal liegt die Notenbibliothek, wo das gesamte Notenmaterial aufbewahrt wird. Gegenüber dem kleinen Probensaal befindet sich die Schneiderei. Hier werden die Anzüge der Kruzianer in Form gebracht und regelmäßig angepasst. Im Speisesaal, einem historischen, holzvertäfelten Raum mit großem Kachelofen, treffen sich die Kruzianer zu den gemeinsamen Mahlzeiten.
Schüler der Vorbereitungsklasse 3 und der Klasse 4 werden direkt neben dem Alumnat in eigenen Kreuzchorklassen unterrichtet. Die beiden Klassen gehören zur 63. Grundschule „Johann Gottlieb Naumann“. Durch die Nähe zum Alumnat und zu den Räumen des Dresdner Kreuzchores können die Jungen problemlos vom Unterricht zur Probe gelangen und in ihrer Freizeit auf dem Fußballplatz oder dem Spielgelände toben.
Alle Kruzianer der Klassen 5 bis 12 besuchen das Evangelische Kreuzgymnasium, eine der renommiertesten Schulen in Dresden. Die Bildungsempfehlung für das Gymnasium ist eine wichtige Voraussetzung für eine Mitgliedschaft im Dresdner Kreuzchor. Bis zur 7. Klasse gehen die Kruzianer in eigene Klassen, ab Klasse 8 werden sie gemeinsam mit Schülerinnen und Schülern des Evangelischen Kreuzgymnasiums unterrichtet. So lassen sich Unterricht, Proben und Lernen gut aufeinander abstimmen.
Anstelle des Profilunterrichts der Schule werden die Kruzianer in einem Chorprofil benotet. Bewertet wird die Chorleistung sowie die Leistungen in Instrumental-, Gesangs- und Theorieunterricht.
Die Pädagoginnen und Pädagogen im Alumnat halten engen Kontakt zu der Schulleitung und dem Kollegium des Evangelischen Kreuzgymnasiums und sprechen sich in allen, die Schüler betreffenden Bereichen ab.